Proyecto Unidigital SIMBIOLAB
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Unidad 1.2 Introducción al BioPython

Módulo 2. Alineamiento de dos secuencias

Unidad 2.1 Conceptos generales

Unidad 2.2 Algoritmos de alineamiento global
Tema 150. Tipos de alineamiento
  1. Alineamientos globales
  2. Alineamientos locales
  3. Alineamientos semiglobales o glocales

 

Tema 160. Puntuación de un alineamiento de dos secuencias
  1. Medidas de distancia y matrices de puntuación
  2. Distancia de Hamming
  3. Distancia de Levenshtein o de edición
  4. Esquemas de puntuación arbitrarios
  5. Matrices de puntuación para nucleótidos
  6. Matrices de puntuación para aminoácidos
Tema 170. Sistemas de penalización de huecos
  1. Penalización de inserciones y deleciones
  2. Penalización constante
  3. Penalización uniforme o lineal
  4. Penalización afín
  5. Otros sistemas de penalización
  6. Comparativa entre sistemas de penalización

Tema 180. Matrices de puntuación BLOSUM
  1. Implementación paso a paso
  2. Cálculo de valores de la matriz
  3. Puntuación de un alineamiento
Tema 190. Matrices de puntuación PAM
  1. Implementación paso a paso
  2. Cálculo de valores de la matriz
  3. Puntuación de un alineamiento
Tema 200. Método gráfico o de la matriz de puntos
  1. Procedimiento simple
  2. Con ventana deslizante
  3. Con umbral de puntuación
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